Im hohen Mittelalter war der Kirchenraum zweigeteilt in den Chor für das Stift und das Langhaus für die Pfarrei. Wohl in der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts wurde eine dreischiffige Basilika mit Querhaus, einschiffigem Chor und Krypta sowie zwei Westtürmen errichtet. Ab 1647 traten große Bauschäden auf, sodass man sich entschloss, das Querhaus abzutragen. Der von Engel geleitete Umbau in den Jahren 1698-1700 beinhaltete den Abbruch der Seitenschiffe und die Verfüllung der Krypta. Es war sein größtes Projekt als Sakralbau. Seine Leistung wurde von der Bauherrenschaft sehr gewürdigt.
Die Ausführung der Bauarbeiten übernahm ein Trupp von Landsleuten Engels. Die neuen Seitenschiffe wurden breiter aufgeführt und mit Wandpfeilern versehen, sodass Kapellen entstanden, und der gesamte Raum wurde neu eingewölbt in Kreuzgratkonstruktion. Die Höhenentwicklung des Baus wurde dadurch entscheidend verändert zu Gunsten von gedrungenen, breiten Proportionen. 1795 mußte der Südturm aufgrund mangelnder Standsicherheit bis zum unteren Geschoss abgetragen werde.
Wenn auch am Äußeren noch einige Baudetails wie Rundbogenfriese an der Traufe und in Blendfeldern des Turms auf die Bauzeit in der Romanik hinweisen, ist der Innenraum durch Engel zur Gänze hochbarock gestaltet worden, wozu auch die einheitliche Ausstattung beiträgt. Der niedrige Obergaden der dreischiffigen Basilika führt dazu, dass trotz breiter Fenster der Innenraum schwach belichtet erscheint. Breite Pfeiler mit Vorlagen tragen das Gewölbe mit querrechteckigen Jochen im Mittelschiff, das ohne Trennung durch Gurtbögen auskommt. In den Seitenschiffen sind die Joche schmal und sie verfügen über eine Trennung. Auch über die Außenwände ist der Lichteinlaß durch die Ovalfenster eingeschränkt. Im Chor läuft das Gewölbe in derselben Höhe weiter. Er ist durch die Apsis abgeschlossen.
Es gibt keine Hinweise, dass der Raum über eine Stuck- und Freskoausstattung verfügt hätte. Diesen Eindruck der Nüchternheit versuchte man im Rahmen einer Restaurierung im Jahre 1939 abzuhelfen und gestaltete die Mittelschiffwände mit großformatigen Kreuzwegstationen. Das erste Chorjoch flankieren zwei Sakristeien, die äußerlich nicht abgesetzt sind. An dieser Stelle wird das frühere Querhaus vermutet. Von der Krypta hat sich nur ein Joch erhalten. Es ist von außen zugänglich. Eingespannt zwischen den Türmen liegt eine Vorhalle, auf der die Orgelempore aufgesetzt ist. Im erhaltenen Nordturm befindet unter dem Bodenniveau die Laurentiuskapelle, die mit Resten gotischer Wandmalerei ausgestattet ist. An den ehemaligen Südturm ist eine Ölbergkapelle angebaut, die spätgotische Skulpturen enthält.
Im Zuge des Umbaus durch Engel wurde auch der Innenraum einheitlich neu ausgestattet. Dazu hat man Eichstätter Kunsthandwerker und Künstler herangezogen, z. B. den Bildhauer Christian Handschuher, den Maler Lorenz Koch und den Schreiner Johann Jakob Bochler. Für Altargemälde wurden Heinrich Matthäus Meyer aus Augsburg und Johann Caspar Sing aus München beauftragt. Ein bedeutendes Werk ist eine spätgotische Madonnenfigur, die 1519 vom berühmtesten Sohn der Stadt Spalt, Georg Spalatinus (Spalt 1484-Altenburg 1545), gestiftet worden ist. Der Gelehrte und Humanist studierte in Erfurt, wirkte am sächsischen Hof in Wittenberg und war befreundet mit Martin Luther.
