Die Archäologische Abteilung im Erdgeschoss behandelt mit reichem Fundstoff und anschaulichen Modellen die Vorgeschichte in den vorchristlichen Jahrtausenden, die Römerzeit bis um das Jahr 400 n. Chr. und die Frühgeschichte bis zum 10. Jahrhundert.
Die weitere Entwicklung des mittelalterlichen Regensburg erläutern kunstgeschichtlich bedeutsame Objekte aus dem Dom, der Minoritenkirche, dem Salzburger Hof und von der Steinernen Brücke sowie ein Stadtmodell. Im 1. Stock geben vielfältige Exponate einen Eindruck vom Leben im mittelalterlichen Regensburg. Als Themen dienen Handel und Wirtschaft, Zünfte und Handwerk, Verfassung und Verteidigung, städtische Wohnkultur, Ver- und Entsorgung sowie Rathaus und jüdische Gemeinde.
Im 2. Stock präsentiert sich die Blüte der spätmittelalterlichen Sakralkunst bis hin zum Werk Albrecht Altdorfers und der "Donauschule". Der Rundgang führt weiter durch zahlreiche Räume zur Wohnkultur des 16. bis 19. Jahrhunderts mit einer Sammlung europäischen Kunsthandwerks.
Im Museumsshop sind qualitätvolle Nachbildungen von Originalstücken, Ausstellungskataloge und weitere Literatur zu ostbayerischer Kunst- und Kulturgeschichte, Denkmalpflege und Archäologie erhältlich. Das Museumscafé ist durchgehend von 10 bis 24 Uhr (sonntags bis 18 Uhr) geöffnet.
