Über die erste Erbauung dieses Gotteshauses sind keinerlei Urkunden oder sonstige Anhaltspunkte vorhanden. Es müsste denn sein, dass die, im Gundakarium zu Eichstätt verzeichnete, von Bischof Otto zwischen 1190 und 1193 geweihte Kirche zu Altheim eben mit der St. Johannis Kapelle identisch war.
Die Kapelle wurde im 30jährigen Krieg (1618-1648) zerstört. Erst 1751 wurde der Auftrag zur Erstellung eines Angebots zum Wiederaufbau vergeben. Mit Verfügung vom 25.02.1751 wurde der Bauinspektor Johann David Steingruber aus Ansbach damit beauftragt. Vergeblich wartete man mehrere Monate auf sein Erscheinen. Schließlich wurde dem Landbauinspektor bei der Veste Wülzburg, Traugott Friedrich Schuchart die Bauprojektierung übertragen.
Im Februar 1752 wurde mit dem Bau der Kapelle begonnen, welcher genau auf dem alten Grundriss entstand. Die Einweihung fand am 24.06.1754, dem Tag des St. Johannis des Täufers statt und gab der Kapelle den Namen.
Eine Kuriosität bildete die spätere Haus Nr. 8, deren Insassen nach Geschlecht geteilt waren. Das männliche war markgräflich und musste nach Solnhofen zur Schule und Kirche, das weibliche war pappenheimisch und musste nach Langenaltheim in die Schule und Kirche. Es mussten 3 jährliche Gottesdienste vom Pfarrere aus Solnhofen gehalten werden.
Heute werden ca. 3 Gottesdienste und viele Abendandachten über das Jahr verteilt in der St. Johannis Kapelle gehalten. Auch für Tauffeieren und andere besondere Anlässe bietet das Ambiente und die Atmosphäre dieser kleinen Kapelle einen schönen Rahmen und erfreut sich zunehmender Beliebtheit.
Weitere Informationen auf den Internetseiten der Evang. Kirchengemeinde Langenaltheim:
https://langenaltheim-evangelisch.de/raeume/#kirchen