Den lichten Innenraum schmückten 1740/41 Eichstätter Künstler: Den Bandwerkstuck der Decke und die Kanzel schuf Franz Xaver Horneis, die Gemälde an der Decke des Langhauses (Aufnahme Mariens in den Himmel) und des Chores (Mariä Krönung) sowie an der Emporenbrüstung Joseph Dietrich. Auch den Hochaltar führten 1742 Eichstätter Meister aus, allerdings kamen spätgotische Skulpturen wieder zur Aufstellung: in der Mitte eine Marienfigur (um 1470) und über den seitlichen Durchgängen St. Barbara (rechts) und St. Katharina (links); beide Seitenfiguren gehörten zusammen mit der St. Margareta (an der rechten Langhauswand hinten) zu einem spätgotischen Schreinaltar (um 1500). Aus dieser Zeit stammt auch eine Holzfigur des Christus Salvator (in der Mitte der rechten Langhauswand).
Die übrige Ausstattung ist barock: die Holzfigur der hl. Appolonia (mit Zange) an der linken Langhauswand (um 1630 bis 1650), die Beichtstühle (um 1700) und die Seitenaltäre (um 1740). Die Skulptur des Papstes Urban an der linken Langhauswand stand ursprünglich in der Kapelle bei der Altmühlbrücke und kam erst bei der letzten Renovierung in die Kirche. Eine Besonderheit der Kirche ist der spätgotische Taufstein beim rechten Seitenaltar. Von diesem Stein wird berichtet, er habe einst in der Pfalzpainter Kirche gestanden und sei zum Ausgleich dafür nach Gungolding gegeben worden, weil um 1550 das Pfalzpainter Schloss in den Friedhof hinein erweitert wurde, und deshalb die Toten in Gungolding begraben werden mußten. Der Stein zeigt ein Wappen mit drei Sternen, das Wappen der von 1194 bis 1452 nachgewiesenen Herren von Pfalzpaint.
