Der Kreuzgang umschließt den Kreuzhof, in dem ebenfalls die Ruhe und Abgeschiedenheit eine Stimmung der Einkehr und Meditation möglich macht. Es ergeben sich malerische Perspektiven zu den romanischen Domtürmen, dem frühgotischen Ostchor und der Spätgotik des Kreuzgangs. Der Kreuzhof dient seit 1958 als Begräbnisstätte für Mitglieder des Domkapitels. Die moderne Plastik stammt von Blasius Gerg aus dem Jahr 1961 und hat den Titel: "Der gute Hirte". Die schlichte, expressive Form zeigt Jesus als guten Hirten, Lamm und Hirte ergeben die Form eines Kreuzes, was zugleich auf den Gekreuzigten verweist.
Das Mortuarium zählt zu den schönsten und stimmungsvollsten Raumschöpfungen der spätgotischen Architektur Südbayerns. Die zweischiffige Halle diente bis zur Säkularisation als Grablege der Domkapitulare. Dieser halbsakrale Raum, der den westlichen der vier Flügel des Kreuzgangs bildet, wurde 1498 eingeweiht. Der Raum wirkt ausgewogen und feierlich, die Epitaphien an den Wänden erzählen jahrhundertelange Geschichte: Adelsgeschichte, Kirchengeschichte, Glaubensgeschichte. Eine Pfeilerreihe mit Stützenwechsel gliedert den ideal proportionierten Raum. Besonders prächtig gestaltete Stützen markieren Anfang und Ende des Raums und verweisen auf das Thema Leben und Tod. Das kostbarste Kunstwerk des Mortuariums ist das sog. Holbeinfenster, das bunte Glasfenster an der Längsseite des Saals. Sie entstanden um 1500, stilgeschichtlich an der Wende der Spätgotik zur Renaissance, und wurden von dem Augsburger Künstler Hans Holbein d. Ä. geschaffen. Der Titel des Bildes wurde passend zum Thema des Ortes gewählt: "Das jüngste Gericht". In beeindruckenden Farben und dramatischen Szenen wird gezeigt wie sich die Vertreter aller weltlichen und geistlichen Stände trennen und ins Paradies oder den Höllenschlund eintreten. Eine Kreuzigungsgruppe des Eichstätter Künstlers Loy Hering (1521) an der Südwand zählt zu dem wertvollen Bildschmuck des Mortuariums.
Der Eingang zum Diözesanmuseum findet sich auf der Ostseite.
