Die Anfänge der Schlossanlage dürften wohl bis ins 13. Jahrhundert zurückreichen. Erstmals erwähnt wird der Name der Ortschaft im Salbuch des Ingolstädter Herzogs Ludwig des Bärtigen (1413 - 1447). Von 1524 bis 1692 waren drei Höfe und eine Hube zu Hepberg der Hofmark Lenting eingegliedert. Ab 1692 gehörten die Güter - nunmehr als selbstständige Hofmark - zeitweise zum Bartholomäerinstitut in Ingolstadt. Um 1728 ließ der Hofmarkherr Freiherr von Lichtenau sämtliche Schloss- und Hofgebäude neu erstellen. Hepberg kam 1740 zusammen mit der Hofmark Lenting in den Besitz des Freiherrn Felix Joseph Müller von Gnadenegg, dessen Familienwappen - ein halbes Mühlrad - noch heute Bestandteil des Gemeindewappens bildet.
1768 kaufte Maximilian Anton Nepomuk Edler von Stubenrauch die Hofmarken Lenting und Hepberg von den Müllerschen Erben. Auf sein Betreiben wurde 1771 in Schloss Hepberg ein „kurfürstlich gnädigst privilegiertes Real-Landschulinstitut“ eingerichtet, das zeitweilig 200 bis 250 arme und verwahrloste Zöglinge aus ganz Bayern aufnahm. Dazu wurden umfangreiche Baumaßnahmen durchgeführt und auch eine Wasserleitung mit hölzernen Röhren von Stammham her angelegt. Die Kinder im Alter von 7 bis 14 Jahren hatten täglich nur eine Stunde Unterricht und mussten zehn Stunden arbeiten, viele starben an Krankheiten und Unterernährung, ein Teil lief aus der Schule fort. 1778 war das Experiment endgültig gescheitert, und die Schule wurde geschlossen. Bis zur Aufhebung der Patrimonialgerichtsbarkeit im Jahre 1840 blieb die Hofmark durch Personalunion mit Lenting verbunden.
