Das barocke Hauptgebäude des Museums, die Alte Anatomie, war von 2015 bis 2020 für die Durchführung von Sanierungs- und Restaurierungsarbeiten geschlossen. Im Oktober 2020 wurde sie mit einer neuen Dauerausstellung wiedereröffnet. Das vom Museumsteam erarbeitete inhaltliche Konzept ist zweigeteilt. Das Obergeschoss ist der „Medizinischen Welt des 18. Jahrhunderts” gewidmet, also der Zeit, als in dem heutigen Museumsgebäude die medizinische Fakultät der Bayerischen Landesuniversität untergebracht war. Im Erdgeschoss eröffnen 21 „Starke Dinge” jeweils unterschiedliche Perspektiven auf die Geschichte der Medizin. Zwei Kabinette zu den Grenzen der Medizin („Not lehrt beten”) und zu dem bekanntesten Studenten der Universität Ingolstadt (Victor Frankenstein)
runden den Museumsbesuch ab.
2021 wurde die Dauerausstellung mit dem Bayerischen Museumspreis ausgezeichnet.
Eine Veranstaltung aus der Reihe "Winterzeit - MuseumsZeit" zwischen Oktober und Ostern in Zusammenarbeit mit den Museen im Naturpark Altmühltal.
