Als Einstieg für den Ostbayerischen Jakobsweg im Naturpark Altmühltal ist auch Regensburg aufgrund der guten Anbindung ans Netz der Deutschen Bahn gut geeignet.
Vor dem berühmten Nordportal der Schottenkirche St. Jakob beginnt die Etappe an der bronzenen Wegmarke mit der Aufschrift "Santiago de Compostela 2.705 km" und der Jakobsmuschel und führt auf der Jakobsstraße durch das Jakobstor aus der Altstadt hinaus Richtung Prüfening. Hier wird die Donau entweder mit der im Jahre 1145 erstmals erwähnten Fähre oder über die Sinzinger Eisenbahnbrücke überquert. Um den großen Donaubogen von Bad Abbach hinüber nach Kelheim abzukürzen, folgt die Wegeführung hierbei einer uralten Straßenverbindung über die Höhen.
